针对供应链管理系统企业合作存在的各种风险及其特征，应该采取不同的防范对策。对风险的防范，可以从战略层和战术层分别考虑。

主要措施包括：

建立战略合作伙伴关系

供应链管理系统企业要实现预期的战略目标，客观上要求供应链管理系统企业进行合作，形成共享利润、共担风险的双赢局面。因此，与供应链管理系统中的其他成员企业建立紧密的合作伙伴关系，成为供应链管理系统成功运作、风险防范的一个非常重要的先决条件。建立长期的战略合作伙伴关系，首先要求供应链管理系统的成员加强信任。其次，应该加强成员间信息的交流与共享。第三，建立正式的合作机制，在供应链管理系统成员间实现利益分享和风险分担。

加强信息交流与共享，优化决策过程

供应链管理系统企业之间应该通过相互之间的信息交流和沟通来消除信息扭曲，从而降低不确定性、降低风险。

加强对供应链管理系统企业的激励

对供应链管理系统企业间出现的道德风险的防范，主要是通过尽可能消除对信息不对称性，减少出现败德行为的土壤，同时，要积极采用一定的激励手段和机制，使合作伙伴能得到比败德行为获取更大的利益，来消除代理人的道德风险。

柔性化设计

供应链管理系统合作中存在需求和供应方面的不确定性，这是客观存在的规律。供应链管理系统企业合作过程中，要通过在合同设计中互相提供柔性，可以部分消除外界环境不确定性的影响，传递供给和需求的信息。柔性设计是消除由外界环境不确定性引起的变动因素的一种重要手段。

风险的日常管理

竞争中的企业时刻面临着风险，因此对于风险的管理必须持之以恒，建立有效的风险防范体系。要建立一整套预警评价指标体系，当其中一项以上的指标偏离正常水平并超过某一“临界值”时，发出预警信号。其中“临界值”的确定是一个难点。临界值偏离正常值太大，会使预警系统在许多危机来临之前发出预警信号；而临界值偏离正常值太小则会使预警系统发出太多的错误信号。必须根据各种指标的具体分布情况，选择能使该指标错误信号比率最小的临界值。

建立应急处理机制

在预警系统做出警告后，应急系统及时对紧急、突发的事件进行应急处理，以避免给供应链管理系统企业之间带来严重后果。针对合作当中可能发生的各种意外情况的应急工作是一项复杂的系统工程，必须从多方面、多层次考虑这个问题。通过应急系统，可以化解供应链管理系统合作中出现的各种意外情况出现的风险，减少由此带来的实际损失。